Les hostilités qui ont éclaté dans le nord-est du Pakistan à la mi-2008 ont eu des conséquences dramatiques sur la situation humanitaire dans cette région. En particulier, la recrudescence des combats entre les forces armées pakistanaises et les groupes d'insurgés dans la province de la Frontière du Nord-Ouest (North-West Frontier Province – NWFP) depuis le mois de mai 2009 a touché des centaines de milliers d'habitants, qui se sont retrouvés pris au piège et privés des services de base. Cette escalade a également provoqué des déplacements massifs de population – plus de 2,5 millions de personnes, selon les estimations – dans les districts de Dir, Swat et Bajaur.
En coopération avec le Croissant-Rouge du Pakistan, le CICR a intensifié ses activités pour venir en aide aux civils dans les zones touchées par les combats et aux déplacés internes qui ont trouvé refuge dans des lieux plus sûrs – camps, familles d'accueil ou autres abris de fortune.

Le CICR a été la première organisation humanitaire internationale à pénétrer dans les districts de Buner, Dir et Swat aussitôt que les conditions de sécurité l'ont permis. Il a participé à la remise en état des principaux hôpitaux de Buner et Swat, fourni des secours d'urgence aux personnes déplacées et contribué au rétablissement de liens familiaux qui avaient été brisés par les déplacements.

À Peshawar, l'hôpital chirurgical du CICR – mis en place au départ pour soigner les victimes des combats dans les zones tribales sous administration fédérale le long de la frontière avec l'Afghanistan – s'occupe désormais essentiellement de blessés provenant de la NWFP. Son programme de réadaptation physique aide les patients handicapés à retrouver une vie normale.

Grâce aux contacts qu'il entretient avec toutes les parties au conflit, le CICR est en mesure de maintenir un dialogue sur la nécessité de protéger les civils, sur la mission médicale de la Croix-Rouge et du Croissant-Rouge, sur les détenus et sur d'autres questions d'ordre humanitaire.

Au Pakistan, le CICR visite des lieux de détention depuis 2007. La situation des internés rapatriés au Pakistan depuis le centre d'internement de la base navale américaine de Guantanamo Bay (Cuba) préoccupe tout particulièrement l'institution. Le CICR a mis en place un programme pour permettre aux civils et aux détenus séparés de leurs familles de rétablir et de maintenir les liens familiaux.

S'il a réduit ses activités liées au tremblement de terre qui a frappé en 2005 le Cachemire sous administration pakistanaise, le CICR continue de porter assistance aux personnes handicapées, principalement par le biais de projets de réadaptation et d'initiatives microéconomiques.

Le CICR est actif dans le pays depuis 1947.

Personnel (2009) : 800 collaborateurs, dont 100 expatriés